Boipeba está situada no sul do arquipélado de Tinharé, composto por 26 ilhas, das quais apenas três são habitadas: Boipeba, Cairu e Tinharé, onde fica Morro de São Paulo. O arquipélago fica a cerca de 60 quilômetros ao sul de Salvador, próximo à cidade de Valença.
O Arquipélago de Tinharé é também o único município-arquipélago do Brasil, o município de Cairú, com sede na ilha de mesmo nome.
As ilhas são separadas entre si e do continente por grandes canais de manguezais, fato que dificulta o acesso à ponto de ainda hoje muitos locais serem inabitados e raramente visitados, já que a navegação é dependente de marés e acessos por terra quase impossíveis.
A região mais acessível do arquipélago é a costa leste, onde estão as praias. A água é mais profunda, embora em quase sua totalidade, as praias são protegidas por arrecifes, podendo-se chegar à praia apenas em alguns pontos específicos. O canal ao norte da ilha de Tinharé também é profundo, embora tenha bancos de areia, e é por ele que se chega à Ponta do Curral e a cidade de Valença, ambos no continente.
Já os demais canais são rasos e traiçoeiros. Apenas quem conhece bem a região se aventura a navegar por eles, e ainda assim, não em qualquer maré.
O arquipélago tem cerca de 451 quilômetros quadrados, sendo Tinharé a maior ilha, com 54% desta área. Boipeba e Cairu tem área semelhante, cerca de 20% do arquipélago cada uma. Já as demais 23 ilhas somam menos de 7% da área total.
As maiores elevações estão situadas ao norte da ilha de Tinharé, onde há um farol, e a noroeste, na localidade de Galeão. O restante da ilha é praticamente plano e tem poucos metros acima do nível do mar. Já as ilhas de Boipeba e Cairú são mais onduladas, mas suas elevações não ultrapassam os 80 metros.
Quase não há estradas, apenas caminhos que são percorridos à pé, a cavalo, ou quando as condições permitem, de trator. O transporte de mercadorias é feito praticamente todo em barcos de madeira, os saveiros.
Os povoados estão todos fixados ao longo do mar e dos canais navegáveis. Na ilha de Tinharé são eles: Morro de São Paulo, Gamboa, Galeão, Zimbo, Garapuá e Canavieira. Já na ilha de Boipeba, Velha Boipeba, Moreré, Monte Alegre e São Sebastião ou Cova da Onça. Cairú, além da sede do município, tem o povoado de Torrinhas. O arquipélago tem um total de 11.410 habitantes, que, embora as ilhas sejam de tamanhos diferentes, estão dividos mais ou menos em igual número nas três ilhas habitadas.
Basicamente os povoados dependem de atividades ligadas ao mar, principalmente pesca, e mais recentemente do turismo. A população é uma miscigenação de negros e europeus, principalmente portugueses, mas também holandeses e ainda índios.
O povo é geralmente muito tranqüilo e amistoso. Muito humilde, e bem disposto a receber os visitantes.
Grande parte das ilhas era originalmente coberto de Mata Atlântica, porém hoje, boa parte está ocupada por imensos coqueirais, embora ainda existam consideráveis áreas de mata virgem. Há também grandes áreas de restinga, mas o ecossistema mais importante do arquipélago é o manguezal, que é o grande berçário da vida marinha e serve de fonte de sustento para grande parte da população.
Desde 1992 as ilhas de Tinharé e Biopeba formam uma área de preservação ambiental. No entanto, ainda persistem alguns problemas, como a destinação do lixo, embora grandes avanços tenham sido alcançados, como o tratamento do esgoto. Algumas ONGs estão hoje empenhadas em implantar alternativas mais lucrativas e ao mesmo tempo ecologicamente corretas à população local. Claro que o futuro do arquipélago depende de todos, população, empresários, poder público e turistas.